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辟谣:科学家们还没找到同性恋基因呢

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辟谣:科学家们还没找到同性恋基因呢

现在下结论还为时过早。

图片来源:网络

不久前,加州大学洛杉矶分校的研究团队宣称发现了一系列与造成男性同性恋有关的表观遗传标记(epigenetic mark)。所谓表观遗传学标记是指那些并不改变基本遗传序列但是能够影响基因表达方式的DNA化学修改物。10月9日,博士后研究员Tuck Ngun在美国人类遗传学协会(American Society of Human Genetics,ASHG)2015年峰会上首次展示研究成果。《自然新闻》杂志(Nature News)率先根据会议摘要报道了Tuck Ngun的研究成果其他的媒体也紧随其后,不少媒体使用了大会提供的新闻通稿。“他们找到同性恋基因了吗?”10月9日的伦敦《地铁报》在头版上如是写道。

与此同时,大会气氛却剑拔弩张,不少基因学家对Tuck Ngun团队的研究方法、研究结果的效度以及媒体有失偏颇的报道进行了批驳。

Ngun的团队研究了47对同卵双胞胎兄弟的表观遗传学标记,其中37对双胞胎中只有一个是同性恋,而另一个则是直男,其余10对双胞胎则都是同性恋。他分析了双胞胎兄弟14万个基因区段,并希望找到DNA甲基化的表观遗传标记(methylation mark),这样的化学变化能够昭示出基因在何时何地被激活了。随后,他又锁定了6000个有可能发生变化的基因区段,并开发了一个计算机模型,该模型能够利用这些区段的数据推测出双胞胎兄弟的性向。

最佳的模型仅使用了5个表观遗传标记,就以67%的准确率预测出了双胞胎兄弟的性向。“就我们目前的认知,这是第一个采用生物标记对性向进行预测的模型。”Ngun在摘要中写道。

然而,研究的问题首先出在样本的规模上,47对双胞胎的样本实在太小。在表观遗传学领域中充斥着大量缺乏数据说服力的研究,这些研究不能提供足够的样本数据以支撑一个可靠的、可重现的结论。

不幸的是,该研究的问题不仅限于此。研究团队将样本分成了两组:其一是“训练组”,该组的数据被用来建立他们的基因算法,其二是“测试组”,该组的数据被用来证实基因算法的可靠性。这是标准而严谨的科学研究方法,事实上,他们也确实应该这么做。但是将样本分成两组让这种小样本的互证更不具有说服力。

在研究中还存在另一个更大的问题。这从研究团队在大会上公布的结果中就可判断出来。他们用训练组的数据建造了一系列模型用来鉴别双胞胎的性向,并最终将准确性最高的模型运用在测试组中去。这是一个巨大的问题,因为在此类基因研究中,研究者应该对训练组和测试组进行严格的区分。研究团队用测试组来优化基因算法的行为俨然已经打破了这堵基因研究的禁忌之墙。

如果你使用这种方法,你有可能在随机案例中发现积极的结果。你将很轻易地在原有的6000个基因区段中发现与性取向显著相关的DNA甲基化表观遗传标记组合,无论它们是否真的对性取向产生了影响。在多重测试后,这一会在研究中时常出现的数据问题能够轻易地得到修正。然而,研究团队却没有这么做。(在给The Atlantic新闻网的email回信中,Ngun认为这样的修正并不必要。)

“和表观遗传学研究历史中的所有研究者一样,他们本不必要对研究结果进行机械地解读。”来自爱因斯坦医学院(Albert Einstein College of Medicine)的约翰·格里历(John Greally)在一篇博文中写道。他想说的是:他们认定5个表观基因标志能够影响基因的表达方式,并让结论拥有了似真性。这是否就能证明这些基因段的表观标志能够影响一个人的性向?也许是这样。但是反过来说也同样合理,即一个人的性向影响了这些基因段的表观标志。毕竟,相关性并不代表因果关系

因此,最终我们只得到一个数据不充分、结论不具有说服力的伪发现。表观基因标志可能与性向有关。但是单就这个研究来说,尽管它宣称发现了同性恋基因,但是它未能按照研究设计的那样证明这一发现。

作为对格里历博文的回应,Ngun承认研究确实存在问题。“现实情况是,我们基本上没有项目足够的资金。”他说,“这样的样本规模并不是我们想要的。但是,我该放弃这一不可靠的想法还是靠着不多的资源进行研究?我选择后者。”于此同时,Ngun告诉《自然新闻》杂志,他计划“基于一个庞大而多样化的人口样本群,对不同双胞胎组进行复测,同时检测同性恋男性的同一表观基因标志是否比直男更加普遍。”

这一想法很好。复测和验证是科学的基石。但是复测和验证的前提是,你必须已经得出了一个有延展价值的初步研究结论,但是Ngun团队的研究连这一步都没有做到。对已有的研究进行延展是一个明智之举。但是当你拥有的只是一个站不住脚的研究结论,并且这一结论很可能为该研究领域增添诸多困惑,那么真正的明智之举是不要再继续对其展开研究

正如格里历在博文中写道:“我的观点并不针对Ngun或者他的团队成员。但是如果我们希望表观基因学能够得到进一步发展的话,我们不能再允许这种空洞的表观基因学研究存在于世。我说的‘空洞’指的是研究不具有可重复性。”

“这是很有代表性的一个案例。”格里历说,“表观基因学领域的问题是系统性的。我们必须对整个表观基因学领域的研究方法进行一番彻底的改造。”

 

(翻译:韩宏)

 

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来源:The Atlantic

原标题:No, Scientists Have Not Found the ‘Gay Gene’

本文为转载内容,授权事宜请联系原著作权人。

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辟谣:科学家们还没找到同性恋基因呢

现在下结论还为时过早。

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不久前,加州大学洛杉矶分校的研究团队宣称发现了一系列与造成男性同性恋有关的表观遗传标记(epigenetic mark)。所谓表观遗传学标记是指那些并不改变基本遗传序列但是能够影响基因表达方式的DNA化学修改物。10月9日,博士后研究员Tuck Ngun在美国人类遗传学协会(American Society of Human Genetics,ASHG)2015年峰会上首次展示研究成果。《自然新闻》杂志(Nature News)率先根据会议摘要报道了Tuck Ngun的研究成果其他的媒体也紧随其后,不少媒体使用了大会提供的新闻通稿。“他们找到同性恋基因了吗?”10月9日的伦敦《地铁报》在头版上如是写道。

与此同时,大会气氛却剑拔弩张,不少基因学家对Tuck Ngun团队的研究方法、研究结果的效度以及媒体有失偏颇的报道进行了批驳。

Ngun的团队研究了47对同卵双胞胎兄弟的表观遗传学标记,其中37对双胞胎中只有一个是同性恋,而另一个则是直男,其余10对双胞胎则都是同性恋。他分析了双胞胎兄弟14万个基因区段,并希望找到DNA甲基化的表观遗传标记(methylation mark),这样的化学变化能够昭示出基因在何时何地被激活了。随后,他又锁定了6000个有可能发生变化的基因区段,并开发了一个计算机模型,该模型能够利用这些区段的数据推测出双胞胎兄弟的性向。

最佳的模型仅使用了5个表观遗传标记,就以67%的准确率预测出了双胞胎兄弟的性向。“就我们目前的认知,这是第一个采用生物标记对性向进行预测的模型。”Ngun在摘要中写道。

然而,研究的问题首先出在样本的规模上,47对双胞胎的样本实在太小。在表观遗传学领域中充斥着大量缺乏数据说服力的研究,这些研究不能提供足够的样本数据以支撑一个可靠的、可重现的结论。

不幸的是,该研究的问题不仅限于此。研究团队将样本分成了两组:其一是“训练组”,该组的数据被用来建立他们的基因算法,其二是“测试组”,该组的数据被用来证实基因算法的可靠性。这是标准而严谨的科学研究方法,事实上,他们也确实应该这么做。但是将样本分成两组让这种小样本的互证更不具有说服力。

在研究中还存在另一个更大的问题。这从研究团队在大会上公布的结果中就可判断出来。他们用训练组的数据建造了一系列模型用来鉴别双胞胎的性向,并最终将准确性最高的模型运用在测试组中去。这是一个巨大的问题,因为在此类基因研究中,研究者应该对训练组和测试组进行严格的区分。研究团队用测试组来优化基因算法的行为俨然已经打破了这堵基因研究的禁忌之墙。

如果你使用这种方法,你有可能在随机案例中发现积极的结果。你将很轻易地在原有的6000个基因区段中发现与性取向显著相关的DNA甲基化表观遗传标记组合,无论它们是否真的对性取向产生了影响。在多重测试后,这一会在研究中时常出现的数据问题能够轻易地得到修正。然而,研究团队却没有这么做。(在给The Atlantic新闻网的email回信中,Ngun认为这样的修正并不必要。)

“和表观遗传学研究历史中的所有研究者一样,他们本不必要对研究结果进行机械地解读。”来自爱因斯坦医学院(Albert Einstein College of Medicine)的约翰·格里历(John Greally)在一篇博文中写道。他想说的是:他们认定5个表观基因标志能够影响基因的表达方式,并让结论拥有了似真性。这是否就能证明这些基因段的表观标志能够影响一个人的性向?也许是这样。但是反过来说也同样合理,即一个人的性向影响了这些基因段的表观标志。毕竟,相关性并不代表因果关系

因此,最终我们只得到一个数据不充分、结论不具有说服力的伪发现。表观基因标志可能与性向有关。但是单就这个研究来说,尽管它宣称发现了同性恋基因,但是它未能按照研究设计的那样证明这一发现。

作为对格里历博文的回应,Ngun承认研究确实存在问题。“现实情况是,我们基本上没有项目足够的资金。”他说,“这样的样本规模并不是我们想要的。但是,我该放弃这一不可靠的想法还是靠着不多的资源进行研究?我选择后者。”于此同时,Ngun告诉《自然新闻》杂志,他计划“基于一个庞大而多样化的人口样本群,对不同双胞胎组进行复测,同时检测同性恋男性的同一表观基因标志是否比直男更加普遍。”

这一想法很好。复测和验证是科学的基石。但是复测和验证的前提是,你必须已经得出了一个有延展价值的初步研究结论,但是Ngun团队的研究连这一步都没有做到。对已有的研究进行延展是一个明智之举。但是当你拥有的只是一个站不住脚的研究结论,并且这一结论很可能为该研究领域增添诸多困惑,那么真正的明智之举是不要再继续对其展开研究

正如格里历在博文中写道:“我的观点并不针对Ngun或者他的团队成员。但是如果我们希望表观基因学能够得到进一步发展的话,我们不能再允许这种空洞的表观基因学研究存在于世。我说的‘空洞’指的是研究不具有可重复性。”

“这是很有代表性的一个案例。”格里历说,“表观基因学领域的问题是系统性的。我们必须对整个表观基因学领域的研究方法进行一番彻底的改造。”

 

(翻译:韩宏)

 

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来源:The Atlantic

原标题:No, Scientists Have Not Found the ‘Gay Gene’

本文为转载内容,授权事宜请联系原著作权人。