4月30日，此前多次曝光“精日份子”不妥言行的微博网友“上帝之鹰_5zn”在微博上发布了一段视频，视频中几名儿童不停地把侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆地上的鹅卵石丢入水池中打水漂嬉闹。

该视频再次引起民众热议，很多网友都谴责站在一旁的孩子家长没有劝阻和告诫。也有个别网友认为，“上帝之鹰_5zn”小题大做。

5月2日，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆官方微博发布关于纪念馆石子的科普帖。帖文称，不论是哪种石子，参观者都不应投掷，都应遵循基本的参观礼仪。纪念馆每年要接待约800万观众，绝大多数观众都能在参观中保持肃穆庄严气氛，但不可否认也有极少数人存在不文明行为。我们将进一步加强管理，加派人员在广场固定值守，同时也呼吁观众文明参观。

根据侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆官网的介绍，悼念广场上铺设的鹅卵石确系象征着遇难者的累累白骨，解说词中介绍：在悼念广场的东面有一组雕塑名叫“古城的灾难”（1997年建成）。由弹痕累累的残破“城墙”、留着遇难者的血迹的折断的“日本军刀”、遇难者的“头颅”、被活埋的遇难者从泥土中伸出“不屈的手臂”、“历史的桥梁”等一个个单体雕塑以及象征着遇难者累累白骨的鹅卵石组合而成。这组群雕的寓意为：站在历史的桥梁上，回眸发生在二十世纪三十年代古城南京的一幕人间特大惨案。