1988年，王家卫的导演处女作《旺角卡门》上映。这是一部描摹兄弟情义的典型黑帮电影，而在悲惨血腥的黑道江湖外，王家卫又塑造了如幻象般的美好爱情作为对照。《旺角卡门》提名第八届香港电影金像奖最佳电影，王家卫也凭借此片获得第二十五届金马奖最佳导演提名。

1991年，王家卫执导的《阿飞正传》上映。相比前作，《阿飞正传》有了更大胆的尝试，电影以人物而不以剧情为重，。虽然最终影片票房失利、王家卫丧失了拍摄下部的机会，但他凭借此片独特的风格在电影界获得了声望，成为当时炙手可热的新人导演。

1992年，王家卫与好友刘镇伟成立泽东电影有限公司，投入非传统武侠片《东邪西毒》的制作。除了借用金庸《射雕英雄传》中两三个人物，其余内容皆为原创。剧组曾赴西北沙漠取景，拍摄历时两年。经修复和重新剪辑的《东邪西毒》终极版于2008年上映。

拍摄《东邪西毒》期间，王家卫花了两个月的时间拍摄出《重庆森林》，其中大量使用的内心独白成为王家卫作品的又一典型特色。凭借《重庆森林》王家卫拿下当年香港电影金像奖最佳导演。美国知名导演昆汀·塔伦蒂诺十分欣赏此片，协助《重庆森林》在美国发行，进一步打开了王家卫的国际知名度。

1997年，王家卫执导剧情片《春光乍泄》，一对恋人因迷路滞留布宜诺斯艾利斯，之后因重重矛盾分手。影片由梁朝伟、张国荣、张震主演，王家卫凭借此片获戛纳国际电影节最佳导演奖，成为历史上首位获得此奖项的华人导演。

2000年，王家卫执导的《花样年华》上映，讲述发现各自配偶有婚外情的两人，在接触中产生感情的故事。影片曾代表中国香港角逐第73届奥斯卡金像奖最佳外语片奖，也将男主角梁朝伟送上戛纳影帝宝座。

2004年，王家卫执导的奇幻作品《2046》公映。影片讲述男主角周慕云为了与过去做更好的道别，写下小说《2046》。影片由梁朝伟、章子怡、王菲、木村拓哉、巩俐等主演，拍摄历时五年。

2007年，王家卫执导首部英语电影《蓝莓之夜》。影片根据王家卫早年拍摄的短片改编而成，由诺拉·琼斯、裘德·洛和娜塔丽·波特曼合作主演，获第60届戛纳电影节主竞赛单元金棕榈奖提名。

2013年，王家卫执导，梁朝伟、章子怡、张震联合主演的《一代宗师》上映。讲述了民国期间“南北武林”多个门派宗师级人物，以及武学宗师叶问的传奇一生。王家卫凭借此片获第33届香港电影金像奖最佳导演奖。

2020年，王家卫担任总导演和监制的电视剧《繁花》开机拍摄。剧集改编自金宇澄同名小说，胡歌、马伊琍、唐嫣、辛芷蕾担任主演，故事背景设定于上世纪九十年代初上海。2022年6月，王家卫《繁花》进入后期阶段。